ایشان که در دور سوم انتخابات نیز با رأی مردم به دفتر ریاست جمهوری راه یافته بودند، این بار نیز با تجربه‌ی دور قبل پا در میدان نهادند و مانند دوره‌ی قبل میرحسین موسوی عهده‌دار سمت نخست‌وزیری دولت ایشان شد؛ هرچند این انتخاب با ابهامات و تردیدهایی روبروست.

از مهم‌ترین وقایع این دوره می‌توان به نطق رییس جمهور در مجمع عمومی سازمان ملل در سال 66، ماجرای پذیرش قطعنامعه‌ی598 شورای امنیت، استعفای جنجال برانگیز موسوی از نخست‌وزیری در سال 67 و رحلت بنیانگذار جمهوری اسلامی در سال 68 اشاره کرد، که تنها دوماه پیش از برگزاری انتخابات پنجم ریاست جمهوری رخ داد و در این مقطع خبرگان ملت، آیت‌الله خامنه‌ای را به‌درستی به‌عنوان رهبر انقلاب اسلامی ایران انتخاب کردند.

اما نکته‌ی قابل توجه ما در این نوشتار ماجرای استعفای میرحسین موسوی از نخست‌وزیری است.

روز 15 شهریور سال 1367 در شرایطی که ایران به‌تازگی قطعنامه‌ی آتش‌بس یا به تعبیر امام خمینی(ره) «جام زهر» را پذیرفته بود، روزنامه‌ی جمهوری اسلامی که در اختیار مسیح مهاجری ـ یکی از نزدیک‌ترین چهره‌ها به میرحسین ـ قرار داشت، در حالی منتشر شد که خبر استعفای میرحسین موسوی از نخست‌وزیری را به عنوان تیتر یک انتخاب کرده بود، استعفایی که بدون هماهنگی رئیس جمهور و رهبر کبیر انقلاب اسلامی نگاشته شده بود. 

امام خمینی در پاسخی عتاب‌آلود به موسوی نوشتند که مردم ما از این‌گونه حرکات در طول انقلاب زیاد دیده‌اند و این حرکات هیچ تأثیری در خطوط اصیل و اساسی انقلاب اسلامی ایران نخواهد داشت.

اما استعفای شهریور67 تنها استعفای موسوی نبود. هاشمی رفسنجانی در کتاب خاطرات خود از دو استعفای دیگر موسوی سخن می‌گوید که در هر دو بار با کوچک‌ترین بهانه‌ای اقدام به استعفا نموده که با مخالفت رییس جمهور و یا حضور هاشمی از استعفا منصرف می شود. طرح مکرر بحث استعفا در حالی است که کشور از یک سو مورد تهدید آمریکاست و از سوی دیگر دچار بی‌ثباتی اقتصادی.

استعفای اول به سال 62 برمی‌گردد که به خاطر عدم توافق روی وزیر مسکن، پیشنهادِ استعفا از سوی موسوی به رییس جمهور داده می‌شود که با مخالفت آیت‌الله خامنه‌ای موضوع خاتمه می‌یابد.

استعفای دوم نیز در سال 63 مطرح می‌شود که بنا به نقل هاشمی رفسنجانی در کتاب «به سوی سرنوشت» این بار نیز کمی بودجه و عدم هماهنگی با رییس جمهور بهانه‌ی استعفا را فراهم می‌آورد و هاشمی رفسنجانی مخالفت خود را با این مسئله اعلام می‌کند و میرحسین که ماجرای استعفا را با هاشمی مطرح کرده است از طرح استعفا منصرف می‌شود.

استعفای سوم میرحسین موسوی در شرایط پس از جنگ در سال67  و بدون هماهنگی با رییس جمهور و رهبر انقلاب مطرح می‌شود که حضرت امام در عکس‌العمل به این اقدام و خطاب به موسوی می‌نویسد:‌ «حق این بود که اگر تصمیم بدین کار داشتید، لااقل من و یا مسئولین رده بالای نظام را در جریان می‌گذاشتید. در زمانی که مردم حزب‌الله برای یاری اسلام، فرزندان خود را به قربانگاه می‌برند چه وقت گله و استعفا است.»

گویا ماجرای استعفای موسوی و بهانه‌ی او برای این کار عدم توافق او با مجلس بر سر وزرای پیشنهادی برای کابینه‌ی چهارم بوده است(روزنامه‌ی جمهوری اسلامی 15 شهریور 1367): «برادر گرامی و متعهد مسعود روغنی زنجانی در روز 13/6/67 از مسئولیت وزارت برنامه و بودجه استعفا دادند و این استعفا در شرایطی است که تصمیم‌گیری برای انتخاب وزرای نیرو، جهادسازندگی و بازرگانی هنوز مبهم است. با توجه به جهت‌گیری روشن مجلس در امور مختلف و اطلاعاتی که از داخل مجلس محترم در دست است، احتمالاً بین 5 تا 8 وزیر از افراد معرفی شده رأی لازم را برای ادامه‌ی مسئولیت به‌دست نخواهندآورد و معنای این شرایط آنست که دولت در وضعیت کنونی کشور در تعدادی از وزارتخانه‌های حساس برای مدت نامعلومی وزیر نداشته باشد.»

همان روز انتشار خبر استعفای میرحسین موسوی در روزنامه‌ی جمهوری اسلامی، رئیس‌جمهور وقت،‌ حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در نامه‌ای با رد استعفا،‌ نکاتی را متذکر گردیدند. ایشان در نامه‌ی خود می نویسد:‌ «برادر گرامی آقای موسوی؛ نخست وزیر محترم؛ باسلام، نامه‌ی استعفای شما را دریافت کردم و لازم می‌دانم چند موضوع را به جنابعالی گوشزد کنم:

در شرایط حساس کنونی و در حالی که مذاکرات ژنو در جریان است و لازم است همه در برابر ترفندهای دشمنان آماده و از مسائل داخلی فارغ‌البال باشیم، استعفای دولت بر خلاف مصلحت کشور و انقلاب است و ضربه‌ای بر مصالح نظام جمهوری اسلامی است. مشکل تعیین چند وزیر، مشکل جدیدی نیست. در سه سال گذشته(دوره‌ی دوم ریاست جمهوری اینجانب) همواره این مشکل با حکمیت هیأت سه نفره‌ی منصوب امام حل شده و جنابعالی همواره از آن استقبال کرده‌اید. هم‌اکنون نزدیک به نیمی از وزرای دولت که به تصریح حضرت امام هنوز به قوت خود باقی است مرجع حل مشکل خواهد بود. شما اگر مجلس را مرجع واقعی می‌دانید، نباید از عرضه‌ی دولت به مجلس و خواستن رأی اعتماد، استنکاف کنید. اگر مجلس به دولت رأی ندهد راه‌های قانونی برای تشکیل دولت جدید وجود دارد و این بهتر از آن است که شما درست شب قبل از روزی که دولت قرار است به مجلس عرضه شود، استعفا دهید و آن را در رسانه‌ها منتشر کنید. جنابعالی از اختیارات نخست‌وزیر طبق اصل134 کاملاً برخوردار بوده‌اید و حتی به برکت لطف حضرت امام و حمایتی که همواره از دولت کرده‌اند تا بتوانند وظایف خود را به خوبی انجام دهند، ‌اختیاراتی بیش از مقرر در قانون کسب کرده و آن را اعمال نیز کرده‌اید... اینجانب با وجود اختلاف‌نظرهای چندی که با شما در نحوه‌ی اداره‌ی کشور و اعتراض به روش‌های شما به‌ویژه در مسائل اقتصادی دارم، همان‌طور که می‌دانید همواره در همه‌ی مراحل به شما کمک کرده‌ام و اکنون هم استعفای شما را به مصلحت ندانسته و اصرار بر آن را ضربه به نظام و حتی با کمال معذرت خیانت ـ البته خیانت غیرعمدی ـ می‌دانم و معتقدم خوب است جنابعالی امروز نظرات حضرت امام در امور اقتصادی را به‌طور دربست بپذیرید.

استعفا را نمی‌پذیرم و خواهش می‌کنم اصرار نکنید. سید علی خامنه‌ای»

حضرت امام نیز در پاسخ به استعفای جنجال برانگیز موسوی نامه‌ی عتاب‌آلودی را صادر کردند که منجر به پس‌گرفتن استعفا از سوی موسوی شد. در این نامه که در روزنامه‌های عصر 16شهریور و فردای چاپ استعفای میرحسین به چاپ رسیده، آمده است:‌ «جناب آقای موسوی نخست‌وزیر محترم؛ نامه‌ی استعفای شما باعث تعجب شد.

حق این بود که اگر تصمیم بدین کار داشتید، لااقل من و یا مسئولین رده بالای نظام را در جریان می‌گذاشتید. در زمانی که مردم حزب‌الله برای یاری اسلام، فرزندان خود را به قربانگاه می‌برند چه وقت گله و استعفا است. شما در سنگر نخست‌وزیری در چارچوب اسلام و قانون اساسی به خدمت خود ادامه دهید، در صورتی که نسبت به بعضی از وزرا به توافق نمی‌رسید چون گذشته عمل شود. این حق قانونی مجلس است که به هر وزیری که مایل بود، رأی دهد. تعزیرات از این پس در اختیار مجمع تشخیص مصلحت است که اگر صلاح بداند به هر میزان که مایل باشد، در اختیار دولت قرار خواهد داد.

همه باید به خدا پناه ببریم و در مواقع عصبانیت دست به کارهایی نزنیم که دشمنان اسلام از آن سوءاستفاده کنند. مردم ما از این گونه مسائل در طول انقلاب زیاد دیده‌اند. این حرکات هیچ تأثیری در خطوط اصیل و اساسی انقلاب اسلامی ایران نخواهد داشت. از آنجا که من به شما علاقه‌مندم، إن‌شاءالله عندالملاقات مسائلی است که گوشزد می‌نمایم.»

براساس نقل‌های موجود گویا میرحسین موسوی در فاصله‌ی زمانی تنظیم استعفا‌نامه در 14 تا 17 شهریور که به محضر امام می‌رسد، در منزل آلادپوش که از دوستانش بود به سر می‌برده است؛ روز سوم که حاج سیداحمد خمینی در تماس با مراکز مختلف از یافتن او ناامید شده بود، به افراد مختلف می‌سپرد که امام فرموده‌اند: «به میرحسین بگویید بیاید که اگر نیاید نامه‌ای تنظیم کرده‌ام و در اختیار رسانه‌ها قرار می‌دهم که اگر پخش شود برای او دیگر دنیا و آخرت نمی‌ماند. روز سوم میرحسین تا ساعت 11 به محضر امام می‌رسد، آنگونه که منابع آگاه بر اساس یادداشت‌های آن زمان در اختیار روزنامه‌ی ایران قرار داده‌اند، امام راحل نکاتی را بدین شرح به وی فرموده‌اند: «من گله دارم از اینکه شما اگر مشکلی داشتید، مثل گذشته مراجعه می‌کردید و حل می‌کردیم،‌ اگر می‌خواستید بروید، بی سروصدا می‌رفتید. چرا سروصدا کردید؟... اگر نبود کار این چند سال شما، به ملت اعلام می‌کردم که شما در مقابل انقلاب و نظام ایستاده‌اید و بعد از این چه توقعی است که از مجلس دارید؟ این حق مجلس است که به هر وزیری که می‌خواهد رأی بدهد یا ندهد. شما می‌بایست از نظر مجلس تبعیت کنید. دیگران هم قبل از شما از این قبیل حرف‌ها می‌زدند که مجلس باید هماهنگ با ما باشد. شما مجلس هرچه گفت به مجلس احترام بگذارید. اگر مسئله‌ای بود شورای مصلحت حل خواهد کرد.»(روزنامه‌ی ایران، 20مرداد1389)

آنچه مسلم است، پس از یک وقفه‌ی معنادار، امام بار دیگر حمایت علنی خویش را از دولت تکرار نمودند تا آثار استعفای نابجای میرحسین، به عملکرد دولت بیش از این آسیب نرساند. هرچند به نظر ناظران سیاسی جنس این دفاع آشکارا متفاوت بود. امام اما تا 80 روز در حمایت از دولت مکث کردند. این مکث که بسیار به ضرر دولت علی‌الخصوص در بُعد تبلیغات رسانه‌های بیگانه بود، سرانجام با حکم انتصاب میرحسین موسوى به سمت سرپرست امور جانبازان‏ توسط امام پایان یافت.

البته گفته می‌شود که دلایل استعفای میرحسین در نامه‌ای دیگر به رییس جمهور آمده بود که در استعفای منتشر شده‌اش نبود. در این نامه که در بولتن‌ها چاپ شد به طور دقیق موسوی دلایل استعفای خود را شرح داده بود. آن‌گونه که در آن نامه اشاره شده بود اصلی‌ترین دلیل استعفای نخست وزیر، دخالت‌های غیرقانونی هاشمی رفسنجانی در امور اجرایی کشور بود که به‌هیچ‌وجه در حیطه‌ی اختیارات وی نبوده است.

البته موسوی اعتراض‌های دیگری هم درباره‌ی چگونگی اداره‌ی جنگ و ارتباط با کشورهای دیگر داشته که در این نامه نوشته شده است.

نکته‌ی قابل توجه اینست که زمان استعفای موسوی مصادف بود با آغاز گفتگوهای آتش‌بس بین ایران و عراق. دکتر ولایتی که نماینده‌ی ایران در مذاکرات ژنو بود می‌گوید که تأثیرات این استعفا در مذاکرات بسیار خردکننده و ناگوار بود. اگرچه بسیاری نیز استعفای میرحسین را ناشی از ناراحتی وی از انتخاب ولایتی توسط امام به عنوان نماینده‌ی جمهوری اسلامی ایران یاد می کنند.